《秘密授课》是一部融合了校园、奇幻与悬疑元素的青春漫画。故事发生在私立英智高中，这所学校流传着一个秘密：每当月圆之夜，教学楼顶层的废弃教室里会举办一场“秘密授课”，授课者是一位戴着乌鸦面具的神秘讲师。只有持有“请柬”的学生才能进入，而“请柬”只会出现在那些内心拥有无法解决、近乎绝望的烦恼的学生手中。在课堂上，讲师会用各种超乎想象的“教案”——比如进入他人的记忆、与未来的自己对话、解析现实的逻辑漏洞——来引导学生直面问题的核心。主人公林川是一个品学兼优、却因过于完美而被同学孤立的高中生，他在收到请柬后，踏入这间教室，开始了一段段颠覆认知、重塑自我的旅程，并逐渐揭开了讲师的真实身份与这所学校最深层的秘密。
毕业前夕，林川收到了最后一张请柬。这一晚，教室里坐满了所有曾经上过课的同学。乌鸦讲师摘下了面具，露出了一张年轻却疲惫的脸——他竟然是学校的上一任学生会长，因无法救赎自己的朋友而选择留在这里守护大家。他笑着说：“现在，你们已经不需要我了。”教室在晨光中化作光点消散，留下了满满一地的请柬碎片。
林川的同桌苏瑶是一个完美主义者，她因为一次演讲忘词而陷入了巨大的自我怀疑。在授课中，她进入了“逻辑迷宫”，她必须不断犯错才能走出迷宫。她哭着摔倒了无数次，最终发现错误的路径才是正确的出口。走出迷宫后，她终于明白：“允许自己不完美，才是真正的完美。”
对未来极度迷茫的高三生李想，在课堂上看到了自己未来十年可能的各种履历版本。他看到了成为社畜的自己、成为艺术家的自己、甚至躺在病床上的自己。他吓得大叫，讲师却平静地说：“这些可能都存在于你身上，但最终选择权在你此刻的一念之间。”李想流着泪撕碎了所有履历，决定先好好活在当下。
一个因为父母离婚而失去所有童年记忆的女孩进入了授课。她必须在一片漆黑中收集代表快乐的“记忆碎片”，拼凑出完整的画面。当她最终拼出全家福时，她哭了，因为她发现即使父母不在一起了，那些快乐的时光依然是真实的，属于她一个人的。
体育生王鹏因为一次比赛失误而陷入创伤后应激障碍，一上赛场就腿软。授课中，他回到了比赛失误的那一刻，但这次讲师要求他“以失败者的视角完整地看完比赛”。他在那一刻听到了队友的鼓励、教练的呐喊，原来失败并没有让他失去一切。王鹏醒来后，第一次主动走进了训练馆。
林川在图书馆无意中翻开了一本旧书，里面掉出了一张泛黄的请柬，上面写着“秘密授课——英智高中，月圆之夜，顶层教室”。他以为是恶作剧，却在月圆之夜鬼使神差地爬上了顶层。推开门，他看到戴着乌鸦面具的讲师，教室里只有他一个学生。讲师开口第一句：“我知道，你很孤独。”